Godina 2006. donijela je velike promjene za Hrvate katolike u Kölnskoj nadbiskupiji. Smanjen je broj hrvatskih katoličkih misija na način da su neke manje zajednice pripojene većima. Time se smanjio i broj svećenika koji pastoralno skrbe o vjernicima na ovim područjima. Među ostalim, ukinute su zasebne hrvatske katoličke misije u Bonnu i Leverkusenu te su ta mjesta pripojena misiji u Kölnu. Također je ukinuta Hrvatska katolička misija u Neussu te je jedan dio njezinoga područja (Bergheim) pripao Kölnu.
Proširena misija u Kölnu dobila je i novoga voditelja, fra Branka Brnasa, franjevca Provincije Presvetog Otkupitelja, dotadašnjega voditelja Hrvatske katoličke misije u Düsseldorfu. Fra Branko je rođen 1955. godine u Vidu u Neretvanskoj dolini. Za svećenika je zaređen 1980. godine. Bio je voditelj naše Misije do 2011. godine. Sada je ekonom i vikar samostana u Zaostrogu, nakon što je prethodno bio gvardijan.
Nakon prostornoga proširenja misije, uz voditelja, djeluje još jedan dušobrižnik. Od 2006. do 2008. godine dušobrižnik bio je fra Josip Repeša, franjevac Provincije Presvetog Otkupitelja, rođen 1976. godine u Metkoviću. Za svećenika je zaređen 2001. godine. Nakon Kölna, pastoralno je djelovao u Stuttgart – Bad Canstattu i Wuppertalu. Po povratku u Domovinu bio je promicatelj duhovnih zvanja i voditelj Frame u Provinciji Presvetog Otkupitelja. Sada je župnik u Vrgorcu.
Od 2008. do 2011. godine na službi dušobrižnika bio je fra Marko Domazet Lošo, također franjevac Provincije Presvetog Otkupitelja. Rođen je 1980. godine u Sinju, a za svećenika je zaređen 2006. godine. Nakon Kölna, pastoralno je djelovao u Frankfurtu, a sada je voditelj misije u Wuppertalu.
O desetu obljetnicu beatifikacije bl. Alojzija Stepinca, 2008. godine, postavljen je reljef kardinala mučenika u Minoritenkirche, u lijevoj lađi. Reljef su zajedno blagoslovili kölnski nadbiskup kardinal Joachim Meisner i vrhbosanski nadbiskup kardinal Vinko Puljić.
2010. godine trebali smo proslaviti 50. obljetnicu djelovanja Misije, ali zbog velikih građevinskih i restauratorskih radova u Minoritenkirche proslava je odgođena za sljedeću godinu. Tako je u srpnju 2011. godine svečano euharistijsko slavlje povodom 50. obljetnice Misije predvodio kardinal Josip Bozanić, zagrebački nadbiskup.
U ovom se razdoblju pristupilo i obnovi Doma kardinala Stepinca, to jest našega misijskoga centra na adresi Am Rinkenpfuhl 10 u Kölnu. Budući da je Kölnska nadbiskupija preustrojila ne samo hrvatske katoličke misije nego i one drugih katolika, određeno je da će Dom kardinala Stepinca koristiti i drugi stranci katoličke vjere: Mađari, Filipinci, Afrikanci engleskoga jezika i Indonežani. Krajem kolovoza 2011. godine nove je misijske prostorije otvorio kölnski pomoćni biskup Heiner Koch, današnji berlinski nadbiskup.
Don Franjo-Frankopan Velić